Prealpino e di origine glaciale, il lago di Monate è privo di immissari ed è alimentato da risorgive. Il bacino defluisce nel torrente Acquanegra, che attraversa Travedona per immettersi nel lago Maggiore.
Sulle rive si alternano canneti, boscaglia e ninfee mentre le sue acque sono popolate da diverse specie ittiche, in gran parte introdotte per lo sfruttamento ittico.
Le sue rive sono state a lungo proprietà privata, rendendolo uno dei laghi più puliti della Lombardia. Il lago è balneabile e con diverse spiagge attrezzate, ma è vietata la navigazione a motore.

Nel 1876 il lago ha restituito i resti di una stazione palafitticola dell’Età del Bronzo, confermando di essere stato sede di insediamenti umani sin dall’età prestorica. Tra i reperti vi sono bronzi, cocci, selci d’età neolitica e alcune piroghe, antiche imbarcazioni scavate in tronchi d’albero.
I resti sono conservati presso il Museo di Villa Mirabello di Varese e il Museo degli Studi Patri di Gallarate.

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