La chiesa è dedicata a san Michele Arcangelo, patrono della città con san Giovanni Battista.
L’edificio sorge sui resti di una preesistente chiesetta, costruita sui resti di una fortificazione longobarda distrutta nel XIII secolo. La primitiva cappella aveva un orientamento opposto all’attuale.

L’odierna chiesa di San Michele Arcangelo, progettata da Francesco Maria Ricchino, fu ricostruita tra il 1652 -79 per ampliarne la capienza. L’antico fossato del castello ostacolava il progetto, perciò la chiesa fu costruita nella direzione opposta. Sul finire del XVIII fu ultimata la facciata, mentre tra fine Ottocento ed inizio Novecento vi furono altre modifiche.
La chiesa si presenta oggi a pianta a croce latina, con un’unica ampia sala coperta da volte a botte lunettate e dieci cappelle laterali. Sul breve transetto si erge la cupola. Chiude la struttura l’abside circolare, affiancata dalla sagrestia e dalla cappella invernale. Sulla facciata ovest un arco semi curvo posto su due colonne protegge la Grotta di Lourdes, installata nel 1939 dopo la parziale ricostruzione.

Il campanile, posto a sinistra della chiesa, è l’unico sopravvissuto della fortificazione longobarda, di cui costituiva una torre. Costruito in pietre e ciottoli, risale al IX -X secolo ed è la costruzione più antica di Busto Arsizio. Nella sezione inferiore vi sono quattro rientranze con archetti e piccole aperture a tutto sesto mentre, appena sotto l’orologio, si aprono quattro bifore, di cui due murate.
La facciata è a campana in stile barocco. La sezione inferiore, scandita da paraste ioniche, ospita un grande portale, sormontato da un bassorilievo tondo della Madonna con il Bambino. Sull’alto cornicione orizzontale è posto un frontone curvo mentre la porzione superiore è suddivisa da lesene corinzie. Chiude la facciata un timpano triangolare con la statua San Michele Arcangelo al centro e gli angeli ai lati.

Gli interni della chiesa sono riccamente affrescati. Sulla cupola è rappresentato il trionfo di Cristo sulla morte, mentre sulla volta stanno la Creazione, l’Annunciazione e la battaglia degli angeli in cielo. L'abside e il transetto custodiscono affreschi dipinti tra il 1945 e il  1946.
Molto ricche e decorate sono anche le cappelle laterali. Ricordiamo in particolare la cappella di San Felice e delle Reliquie, che conserva il corpo intero del martire romano, donato nel 1650 da papa Innocenzo X. La reliquia è esposta in un’urna di vetro posta sotto l’altare.

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