Edificata tra il XVI e il XVII secolo su una precedente chiesa, forse romanica, la Basilica di San Vittore è il risultato di più e diversi interventi strutturali. All’inizio del Cinquecento fu costruito il profondo presbiterio mentre l’aula fu eretta tra il 1589 e 1625 sotto la direzione di Giuseppe Bernascone. Infine, sul finire del XVIII secolo, Leopoldo Pollack realizzò la facciata in stile neoclassico.

L’alto campanile, progetto del Bernascone, fu costruito a più riprese tra l’inizio del Seicento e la fine del Settecento. Dopo un massiccio basamento si alternano le decorazioni in granito grigio e in mattoni rossi: dal basso sono riconoscibili quattro lucernari, ampie nicchie ad arco sormontate da finestre e i quadranti dell’orologio, affiancati da teste di leone. Sopra la cella campanaria è posta una lanterna ottagonale, a sua volta sormontata da una cupola rivestita in rame. La torre, anche nota come “del Bernascone”, è un importante esempio del tardo manierismo ed è l’edificio più alto di Varese.

La basilica si presenta con una pianta a croce latina, con tre navate, abside semicircolare e grande cupola a intersezione del transetto. Sono visibili i volumi aggiunti successivamente per creare le navate, le cappelle laterali e la sacrestia, posta sul lato destro del presbiterio.
L’elaborata e rigorosa facciata è a salienti. Racchiuso tra colonne ioniche si trova il portale d’accesso ad arco a tutto sesto, con due figure angeliche sui pennacchi, realizzate da Lodovico Pogliaghi. Gli ingressi laterali sono invece decorati con lesene ioniche. Dopo un alto cornicione, con la dedica al patrono, si apre una vetrata policroma a lunetta, raffigurante San Vittore Martire. Corona la facciata un timpano triangolare.

Gli interni sono ricchissimi e in gran parte affrescati. Sulla volta dell’abside è raffigurata la Gloria di San Vittore mentre sulle pareti  vi è il martirio di San Vittore. Le cappelle laterali custodiscono alcuni capolavori della scuola pittorica barocca lombarda, con dipinti di Carlo Francesco Nuvolone, Francesco Cairo, Giovanni Battista Crespi e Giovanni Battista Ronchelli. Bellissime anche le opere di Bernardo Castelli e gli stucchi di Lodovico Pogliaghi.
Nelle cappelle del Rosario e della Maddalena il Morazzone ha affrescato l’Incoronazione della Vergine, la Presentazione al Tempio, lo Sposalizio. Sono inoltre presenti l’Apparizione di Cristo alla Maddalena e quindici tondi della Via Crucis.

Il presbiterio, la parte più antica della basilica, ospita due pulpiti lignei e un altare maggiore in stile rococò realizzato da scultori di Viggiù. Completano la mensa statue in marmo del Cristo Risorto e degli angeli. Nell’arco si trova un grande Crocefisso sorretto da angeli in volo, realizzato da Bernardo Castelli. La mensa postconciliare è una bellissima opera di Floriano Bodini in marmo di Candoglia.

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