Fondata nel XI secolo, la Pieve di Arcisate è stata un importante centro religioso, forse la chiesa madre della Valceresio. A quei tempi comprendeva 34 chiese filiali e nei secoli successivi inglobò altre parrocchie.
Della struttura originaria rimangono oggi solo alcune lapidi e la torre campanaria . Sulla facciata del campanile si conserva inoltre la meridiana, di cui è ancora visibile lo gnomone.
Dal XV la chiesa fu ricostruita con un impianto a tre navate, cappelle laterali e pronao in facciata.
Nel 1745 furono trovate due lapidi, che attestano con sicurezza la presenza di una prima comunità cristiana già nel V secolo. Le due stele sono ora poste sulla parete sinistra della cappella. Nel 2019 sono stati invece scoperti, sotto la pavimentazione, i resti dell’antica chiesa medievale e numerose sepolture.
La chiesa conserva inoltre due altari barocchi, provenienti da un convento francescano comasco soppresso.

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