L’Abbazia di San Donato è stata fondata dal vescovo di Pavia Liutardo sui resti di un tempio pagano.
Il complesso monasteriale fu a lungo contesa tra i Benedettini e il vescovo di Milano. Nei secoli passò alla curia romana, all’Ospedale Maggiore di Milano, alla Diocesi di Pavia e infine all’Arcidiocesi di Milano.
La costruzione della chiesa e del monastero, oggi andato perduto, risalgono a un'epoca tra l'830 e l’864. Nei secoli, specie nel Quattrocento e Settecento, si sono però succedute numerose modifiche ed aggiunte.

L’abbazia oggi ha un impianto basilicale privo di transetto, con tre navate absidate e profondo coro. Si conservano inoltre due antiche absidi, la cripta del XI secolo e la struttura in pietra a vista.
La facciata è nascosta dal nartece, probabilmente aperto in passato e chiuso come ampliamento. I tre ingressi si collocano negli archi originari con conci alternati. Il campanile è stato costruito poco dopo l'abbazia. Presenta una specchiatura con archetti pensili e copertura piramidale.

All’interno si conservano innumerevoli opere d’arte, tra cui affreschi del XV – XVI secolo. Ricordiamo il ricco ciclo dedicato a Santa Caterina nel nartece, una Maestà del Signore con Sant’Ambrogio e San Nicola nella calotta e scene battesimali nell’abside sinistra – dove era il fonte in origine. Nella cappella del Crocifisso si trovano un Dio Padre ad altorilievo, una Salita al Calvario, una Natività e scene della Passione.

Il ciclo più importante è però nel presbiterio. Qui sono raffigurati San siro che resuscita la figlia della vedova veronese, San Gandolfo che versa il denaro per il riscatto degli schiavi e una Gloria di San Donato.

Sulle pareti sono collocate altre opere: una Madonna dei limoni della seconda metà del Cinquecento, una copia dell’Ultima Cena di Leonardo, una Madonna in trono e le effigi di San Rocco e San Donato.
Nella cripta vi sono infine lacerti di affreschi che raffigurano la Natività e storie della vita di Maria.

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