Carnago fa parte del Parco RTO, riserva naturale che si sviluppa attorno i fiumi Olona, Rile e Tenore.
Tra aree risorgive, piccoli torrenti, prati e boschi cedui si trovano i più comuni pini silvestri, castagni, noccioli, frassini ma anche farnie, carpini, platani, querce rosse, pioppi neri, olmi, aceri e ontani neri. Il parco è abitato da una numerosissima fauna.
Nel territorio di Carnago molto importante è la località Stribiana, dove, fra vasti campi e prati, nasce il torrente Rile. Il parco RTO è attraversato da numerosi sentieri: attorno al comune si sviluppa il percorso n.4 "Anello del Rile", lungo poco più di 7 chilometri. Carnago è inoltre collegato ad altri tracciati, come il n.14, che porta a Castelseprio.

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