Nel 1233 la chiesetta di San Martino fu donata al vicino convento delle monache benedettine Umiliate. In seguito alle visite di San Carlo Borromeo fu ingrandita e unita al monastero.
Nel corso del XVII secolo il convento crebbe di importanza e dimensione, arrivando ad essere il più numeroso della città, ma con le riforme napoleoniche fu chiuso e abbattuto. La chiesa, unica superstite alla soppressione, divenne quindi deposito militare e fienile. Dopo un incendio, che danneggiò gli affreschi, nel 1858 tornò al culto.

L'edificio si presenta oggi con un piccolo impianto rettangolare ad aula unica. La semplice facciata, a capanna, presenta un ingresso architravato con frontone triangolare e tre volti di angeli. In cima alle lesene si riconosce lo stemma degli Orrigoni, la nobile famiglia patrona della chiesa.
Sul fianco destro è ancora visibile la decorazione con archetti in cotto, mentre non vi è traccia degli antichi affreschi quattrocenteschi della facciata, raffiguranti san Martino e san Cristoforo.

Le decorazioni interne risalgono all’inizio del Settecento, a cui lavorarono i principali artisti del tempo.
Sui lati della navata si trovano il martirio di San Bartolomeo e il martirio di San Lorenzo. Pietro Antonio Magatti affrescò i pennacchi e la volta. Tema delle opere sono scene della vita di san Martino e la Gloria di San Martino. Oltre al santo, sono rappresentati tre gruppi di angeli con strumenti musicali e simboli della vita sacerdotale e militare.

Patrimonio della chiesa sono l’alto rilievo in bronzo dorato posto al di sotto, le formelle che rivestono gli ex reliquiari e la pala d’altare, con san Martino che dona il mantello al povero. Nella sagrestia si conserva infine un affresco floreale e una decorazione in trompe-œil, che incornicia la porta.

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